今更ですがこっちのサイトもMovableType4にアップデート。

↓のサイトさんの手順を参考にすれば問題なくいけると思います（使用しているプラグインによっては別途設定が必要）

参考にしたサイト
■MovableType3.34から4.01へのアップデート
■[続]MovableType3.34から4.01へのアップデート
■[続続]MovableType3.34から4.01へのアップデート

■Movable Type 3 から Movable Type 4 へのアップグレード方法
■Movable Type 3 から Movable 4 へのアップグレード（コメント関連テンプレート差分）

後はコメント周りとプラグインの再設定をして完了です。