今更ですがこっちのサイトもMovableType4にアップデート。
↓のサイトさんの手順を参考にすれば問題なくいけると思います（使用しているプラグインによっては別途設定が必要）
参考にしたサイト
■MovableType3.34から4.01へのアップデート
■[続]MovableType3.34から4.01へのアップデート
■[続続]MovableType3.34から4.01へのアップデート
■Movable Type 3 から Movable Type 4 へのアップグレード方法
■Movable Type 3 から Movable 4 へのアップグレード（コメント関連テンプレート差分）
後はコメント周りとプラグインの再設定をして完了です。
